Bei vielen chronischen Krankheiten, wie bei der Infektanfälligkeit der Kinder, liegt eine Störung im Bereich der Darmflora vor. Eine mikrobiologische Therapie ist hier angezeigt. Dazu können Stuhlfloraanalysen und/oder Körpersekretanalysen (z.B. Vaginalsekret) in einem Spezialinstitut angefordert werden. In manchen Fällen ist es auch sinnvoll, aus den körpereigenen Bakterien der Patienten Impfstoffe herstellen zu lassen.